1990年，内江铁路机械学校拆除三栋干打垒建筑。教职工人数增至280余人，在校普通中专生增至1300余人，职工中专班50余人，技工班70余人，短训班100余人。

1991年，内江铁路机械学校自主研制成功的“电力机车模拟驾驶系统”荣获四川省第五届发明银奖，同年11月荣获中国发明协会组织的第六届全国发明展览会金奖。

同年，内江铁路机械学校被命名为四川省文明单位，被国务院五部委表彰为“全国职业技术教育先进单位”。

1992年，内江铁路机械学校建成新食堂综合楼（兼礼堂）。

1993年，陈昌良任内江铁路机械学校校长。建成招待所。

1994年9月，内江铁路机械学校被国家教育委员会命名为国家级重点中专。

1995年9月，内江铁路机械学校开始推行CBE教学改革试点。

1996年，内江铁路机械学校成立“国家职业技能鉴定所”和“铁路特有工种职业技能鉴定站”。

1997年5月，四川省人民政府决定在四川行政财贸管理干部学院的基础上组建四川行政学院，为省政府直属事业单位，同时保留四川行政财贸管理干部学院的牌子。

1997年3月6日，内江铁路机械学校与加拿大爱德华王子岛荷兰学院签定《荷兰学院与内江铁路机械学校协议备忘录》，两校正式结为姊妹学校。

1997年5月21日，内江铁路机械学校启动“校园精神文明建设基础工程”。

1998年11月，内江铁路机械学校电力机车、铁道供电、铁道信号、综合电信四个专业通过铁道部组织的专业评估。

1999年5月，内江铁路机械学校正式参加加拿大CCPP（建立合作伙伴关系）项目第二阶段的信息技术再培训部分。

1999年9月，内江铁路机械学校电力机车、铁道供电、铁道信号、综合电信四个专业被铁道部评为优秀专业点。

1999年10月，内江铁路机械学校建成校园计算机网络。

1999年11月，内江铁路机械学校建成临甜城大道的新大门。